Rừng ngập nước có các kiểu phụ phân chia khác nhau.

• Theo chế độ nước ngập: Rừng ngập nước theo thời kỳ và rừng ngập nước hàng năm.
• Theo tính chất của nước:

• Rừng ngập nước mặn: Là loại hình rừng phát triển trên điều kiện đất ngập nước biển, đất mặn, tập trung chủ yếu ven biển, cửa sông. Rừng ngập mặn là loại rừng chuyển tiếp giữa hệ sinh thái rừng triều nhiệt đới với đất liền ở trong vùng còn chịu ảnh hưởng của thủy triều. Tổ thành loài chủ yếu là các cây thuộc họ Đước, họ Bần. xem thêm bài viết Rừng ngập mặn.
• Rừng ngập nước ngọt: Rừng đầm lầy, vùng ven sông, rừng lòng hồ thủy điện.
• Rừng ngập nước lợ: Phân bố chủ yếu ở của sông lớn, gồm các quần hệ thực vật ưa nước lợ.